Motifs et domaines

Motifs

• Un motif est un élément structural que l'on retrouve dans tous les membres d'une famille de protéine. Il contient des résidus essentiels à une fonction conservée.
• Ces résidus ne sont pas nécessairement consécutifs (ils peuvent même être très éloignés dans la séquence), mais on s'attend à les trouver assez proches dans la structure 3D, car ils participent à la même fonction (par exemple formation d'un site actif).
• Un motif ne se replie pas indépendamment.
• Ex. de banque de motifs: PROSITE

Domaines

• Un domaine est un fragment de séquence contigü conservé dans une ou plusieurs familles de protéines.
• Un domaine se replie indépendamment.
• Un domaine étant un bloc contigü, il peut être dupliqué et réutilisé par des protéines de fonctions différentes (gènes "mosaique"). On trouve par exemple des domaines "GTP binding" dans des protéines très différentes.
• dans certains cas, domaines et motifs conservés coïncident (par ex. GTP-binding domain et pattern).
• Les ARN aussi peuvent échanger / réutiliser des domaines 3D.
• Ex. de banque de domaines: BLOCKS

Pour décrire un ensemble séquences, voir documents sur Consensus, expressions régulières, profils et modèles de Markov,