Comment décrire un ensemble de séquences?

Lorsqu'on travaille sur un ensemble de séquences homologues (contenant un motif ou un domaine conservé), on cherche toujours à décrire rigoureusement ce qui est important dans ces séquences (pour déterminer les résidus fonctionnels, pour rechercher d'autres instances de la fonction, etc.). On parle de motifologie. Tout un art...

Alignement

• L'alignement lui même est la meilleure représentation d'un ensemble de séquences. Toutes les informations sont là, mais pas très faciles d'accès!
• Utilisé dans BLOCKS.

Consensus

• A partir d'un alignement, on détermine les résidus les plus fréquents à chaque position. Si la fréquence dépasse un certain seuil: séquence inclue dans le consensus. P. ex. consensus 90%:
• Faible spécificité / sélectivité.