Expressed Sequence Tags (ESTs)

Séquences partielles d'ADNc clonés et prélevés aléatoirement. Idée originale: pourquoi vouloir tout séquencer (95% de junk DNA) si ce sont les gènes qui nous intéressent?

Trois grandes applications:

• Aide à la cartographie physique
• Cataloguage des gènes
• Profils d'expression/Northerns virtuels

Profils d'expression

• Un test statistique (Test de Fisher) permet de déterminer si les différences de niveaux d'expression sont significatives.
• Le mode d'obtention des EST peut introduire des biais dans ces profils (par ex. banques normalisées: les EST les plus fréquents sont réduits).
• Vu le coût associé à la création de banques d'EST utilisables en analyse quantitative, on se penche sur d'autres techniques de mesure d'expression comme les puces à ADN.

Normalisation

• Pour éviter de réamplifier sans cesse les transcrits les plus fréquents: réhybridation (normalisation) ou hybrydation contre bibliothèque de référence (soustraction).

Limitations de l'approche EST

• Chimérisme
• Clônes inversés
• Priming interne
• Introns
• Epissage alternatif
• Coût en ce qui concerne le cataloguage: 85%-95% des transcripts sont de faible abondance.

Voir les Banques d'EST