Banques de domaines
Différence motif/domaine: voir explication
- Les "Blocks" sont des segments multiples alignés sans gaps
correspondant aux régions les plus conservés des protéines. Ces blocs
sont ensuite calibrés contre la banque Swissprot pour évaluer la
distribution aléatoire des ressemblances. La banque "Block" contient
ces blocs calibrés.
- Description du domaine: alignement.
- Egalement à partir de Swissprot. Recherche effectuée par Blast
itératifs.
- Annotation automatique. Moins précis que manuel (par ex. Prosite)
- Description du domaine: consensus.
- Release 2002.1 (mai 2002): 365 000 familles de domaines (en comptant les familles de 1 séquence).
- Réalisé automatiquement par chaine de Markov cachée.
- Itérations: commence avec des homologues clairs, puis recherche des relations
de plus en plus éloignées.
- Permet de remarquer des homologies qui ne l'auraient pas été avec Blast.
- Annotation automatique
- Release 3.2 (10/98): 1344 familles.