Un seul système d'exploitation vraiment adapté à la bioinformatique: Unix.

• Pratiquement tous les programmes de bioinformatique couramment utilisés sont développés sous et pour Unix (p. ex.: Blast, Clustal, Phylip, packages de modélisation moléculaire)
• Panoplie d'outils irremplaçables pour manipuler les fichiers de texte: grep, awk, sed, sort, uniq, emacs..
• Des outils permettant de combiner les programmes et de les exécuter "en batch": pipes, redirections, scripts.
• Un fantastique langage de programmation pour le traitement des chaines de caractères et la conception rapide de programmes prototype: Perl
• Les plus grandes capacités de traitement de fichier (Genbank> 5Go).
• Le networking le plus puissant (par exemple: possibilité de commander les machines à distance et en parallèle)
• Les machines graphiques les plus performantes
  
  
• Dans la plupart des sociétés les machines Unix sont cantonnées à un rôle de serveur de fichiers. On y accède à partir de PC ou Macintosh en réseau via telnet/ftp ou, mieux, en émulant un terminal X.