Trucs utiles sous Unix

La redirection ">"

Envoie le résultat d'une commande dans un fichier
ls > fichier
blast seq1.fasta seq2.fasta > blastout
cat titi > toto
cat titi >> toto (>> n'écrase pas le fichier de sortie)

Le pipeline "|"

Utilise le résultat d'une commande comme argument d'une autre commande
grep "ACCGAAG" ecoli.fasta | wc
blast seq1.fasta seq2.fasta | more

Le contrôle des taches

"&" permet de récupérer le shell après le lancement d'un programme
netscape &
nedit &

Sans "&", le shell reste bloqué tant que le programme tourne. On peut toujours suspendre l'exécution d'un programme avec CTRL-Z, puis le redémarrer en arrière-plan avec "bg", ou en premier plan avec "fg".

La commande "jobs" permet de voir la liste des taches en cours d'exécution (taches nous appartenant)

La commande "kill < no de tache > " tue une tache en cours.

La commande "top" permet de visualiser toutes les taches en cours d'exécution, y compris celles des autres utilisateurs.