TP banques de données génomiques post-génomiques

Exercice 5

  1. Rendez-vous sur le site de RegulonDB et analyser la structure de la région lac (unités transcriptionnelles, régulation, fonction des gènes)
  2. Rendez-vous sur le site de KEGG et localizer les voies métaboliques qui font intervernir les gène lac chez E. coli.
  3. Toujours sur le site de KEGG,  localisez les voies qui impliquent les gènes gal chez la levure Saccaromyces cerevisiae.
  4. Toujours sur le site de KEGG, cherchez la voie de signalisation wnt/wg chez la drosophile.
  5. Passez sur le site de Flybase et trouvez la fiche du gène wg, puis explorez les liens et descriptions fonctionnelles (régulation, interactions, etc.).

Exercice 6

  1. Explorez les sites transcritomes présentés sur la liste de lien. Localisez et analysez les pages Eloge (TAGC), ExpressDB (Harvard), SMD (Stanford), et yMGV (ENS).
  2. Etudiez les 4 tutorials de yMGV(ENS).
  3. Recherchez les cibles des facteurs PDR1/PDR3 avec yMGV (Search specific transcription profile - publi derisi_PDR - induits 3fois).
  4. Quel rôle inferez-vous pour les facteurs PDR1/PDR2? Est-ce que cela colle avec les annotations dans les bases de données (généralistes ou spécifiques levure)?
  5. Rechercher les cibles régulées dans la condition Linde_anaerobic down régulé 3 fois.
  6. Récuperez les ORFs obtenues et recherchez les dans la base pathway de la KEGG.
  7. Quelles conclusions en tirez-vous?

Exercice 7

  1. Rendez-vous sur le site de Expasy et explorez-le.
  2. Recherchez les données disponibles sur l'expression de l'Enolase  chez E.coli.
  3. Répérez cette protéine sur les gels 2D référencés.

    4.  

Exercice 8

  1. Rendez-vous sur le site des bases d'interactions BIND et DIP et  explorez-les.
  2. Sur le site de DIP, recherchez tous les interactants de Gal4 pour la levure (Sc).