Single Nucleotide Polymorphism (SNP)

• Le polymorphisme le plus commun chez l'homme.
• Stable
• Beaucoup n'ont pas d'implications fonctionnelles
• 1 SNP tous les 100 à 300 nt. 3 200 000 dans le génome.
• En comparant 2 individus, on trouve un SNP toutes les 1000/2000 bases.

Applications

• Les SNP constituent une trace historique pour l'étude de la phylogénie humaine: ils mutent lentement et ont peu de chance de réapparaitre de façon récurente.
• Les SNP sont à l'origine de susceptibilité ou de resistance à de nombreuses maladies.
• Cartographie de maladies à caractères complexes (cancers, diabète, maladies mentales)
• Prédiction des réponses aux drogues.
• Haplotypes: combinaison d'allèles tendant à être transmis ensemble. On estime que la recherche d'haplotype à l'échelle du génome pour l'ensemble des maladies requiert une cartographie très dense avec jusqu'à 1 million de marqueurs. Les SNP répondent à ce critère. Ils sont donc utilisés non seulement comme éléments "mutateurs", mais comme marqueurs permettant d'en découvrir d'autres.

Types de SNP

Les SNP peuvent être classées selon qu'elles sont

• codantes/non codantes
• Codant affectant l'aa/sans affecter l'aa
• Affectant l'aa avec modification de propriétés / sans modification
• Région régulatrice/autre région non codante
• 14500 SNP tombrent dans des exons de refseq (environ 2 par gène)

Deux stratégies d'obtention de SNP

• Fragments de restriction de 2 génomes différents + séquençage des fragments homologues + clustering et comparaison informatique.
• Nouvelles séquences shotgun + alignement sur le génomique.

Autres polymorphismes:

• Insertions, délétions, duplications, réarrangements
• Plus rares et moins bien compris

Extrait de l'article sur le génome humain (à comprendre):

In addition to sequencing large-insert clones, three [sequencing] centres 
generated a large collection of random raw sequence reads from whole-genome 
shotgun libraries. These 5.77 million successful sequences contained
2.4 Gb of high-quality bases; this corresponds to about 0.75-fold coverage and
would be statistically expected to include about 50% of the nucleotides in the
human genome (data available at http://snp.cshl.org/data).