Séquençage Shotgun

Principe général

• Cosmide ou BAC sous-cloné en fragments de petite taille
• Des clones prélevés aléatoirement sont séquencés
• Des séquences contigües sont reconstruites par recouvrement
• Les séquences restantes sont réalisée de façon dirigée.

On voit tout de suite que cette approche est problématique en présence de longues régions répétées.

Whole shotgun / hierarchical shotgun

Deux méthodes pour le séquençage de génomes:

• le shotgun "genome complet" (whole-genome shotgun) s'applique normalement aux génomes relativement simples, en se exploitant au maximum les informations de cartographie et la bioinformatique pour éviter les misassemblages. Employé par Celera.
• Le shotgun hierarchique ou "clone par clone" (Fig. ci-dessous) Implique de générer un jeu de clones de grande taille (100-200kb) couvrant le génome puis de soumettre au shotgun uniquement des clones bien choisis. Ceci élimine les risques d'erreur "longue distance".
  Dans le projet de séquençage du génome humain par le consortium international, les BAC à séquencer ont été choisis en analysant les profils de restriction (fingerprint) de l'équivalent d'une couverture 20X en BAC, combiné à différents marqueurs physiques.

  Extrait de l'article de Nature sur le Génome humain:

   A version of the draft genome sequence was prepared on the basis of the 
  map and sequence data available on 7 October 2000. For this version, the mapping 
  effort had assembled the fingerprinted BACs into 1,246 fingerprint clone contigs. 
  The sequencing effort had sequenced and assembled 29,298 overlapping BACs and 
  other large-insert clones, comprising a total length of 4.26 gigabases (Gb).
  This resulted from around 23 Gb of underlying raw shotgun sequence data, or about
  7.5-fold coverage averaged across the genome (including both draft and finished
  sequence).