Les puces à ADN (Suite)

Applications:

• Expression
• Détection de mutations (puce P53)
• Diagnostic (puce HIV: détection des souches présentes)

• Les oligos de petite taille (15-20 bases) permettent d'optimiser la place et de détecter des ARNm qui ne sont pas connus intégralement (EST). Ceci pose des problèmes de spécificité.
• Puce d'expression: 7000 gènes sur une puce. 20 paires de sondes 25-mères uniques par gène. (La deuxième sonde contient une base erronée et permet de mesurer l'hybridation non-spécifique) L'interprétation demande un algorithme complexe.
• Puce SNP: 1500 SNP humains.
• Coût très élevé pour 1 puce; mais bon marché pour faire les suivantes. Chaque puce est utilisée une fois.
• Problèmes de reproducibilité (matrices également).

Le modèle d'hybridation

Puce P53: