PSI-BLAST: Iterative Profile Search

Principe

Une première séquence est recherchée dans une base de données
Les séquences similaires significatives sont alignées sur la séquence requête.
Un profil est construit
Ce profil est recherché dans la banque de donnée pour collecter des séquences supplémentaires, etc.

Avantages et inconvénients

Excellent pour la recherche d'homologues éloignés.
Si une séquence sans parenté avec la première est collectée accidentellement, celle-ci entraine tous ses homologues avec elle au tour suivant. Le profil perd son sens.
Les protéines multidomaines posent le même problème.

Site PSI-BLAST...

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Database

The amino acid query sequence is filtered for low complexity regions by default.

Enter here your amino acid sequence as

Please read about FASTA format description

Advanced options for the BLAST server:

Expect Filter NCBI-gi Graphic Overview

Descriptions Alignments
Expect value for inclusion in PSI-BLAST iteration 1


  Matrix         Gap existence cost     Per residue gap cost    Lambda ratio

Other advanced options:

Comments and suggestions to:< blast-help@ncbi.nlm.nih.gov >
Credits to: Tom Madden, Sergei B. Shavirin, Alejandro Schäffer, and Alexey Egorov