Vaut-il mieux comparer les protéines ou l'ADN?

La meilleure façon de détecter des similarités entre séquences est généralement la comparaison au niveau protéique.

1. Il existe 20 aa contre 4 bases. La probabilité de trouver une "lettre" donnée par hasard est donc plus importante pour les bases.
2. Plusieurs codons produisent le même aa. 134 / 549 substitutions de bases sont synonymes. Les séquences protéiques sont plus informatives.
3. La raison principale est en fait l'existence d'outils de comparaison plus puissants pour les aa: utilisation des propriétés physicochimiques ou des substitutions observées dans l'évolution. Même lorsque les aa sont différents, on est capable de retrouver des similarités. On en est tout à fait incapable au niveau des bases.

Il existe en fait des cas où la séquence d'ADN est plus conservée que la séquence protéique, ce qui enlève du poids à l'argument 1

Les comparaisons avec les séquences protéiques ne permettent de détecter que les régions codantes. Evidemment, on utilisera toujours la séquence ADN/ARN pour analyser ce qui n'est pas traduit!