Problèmes bien connus avec les arbres phylogénétiques

• Les arbres obtenus diffèrent selon le gène considéré.
• La phylogénie des organismes est incohérente

Causes

• Les différences de vitesse d'évolution
• L'attraction des longues branches
• L'évolution convergente
• Les recombinaisons
• La confusion paralogue/orthologues
• Les transferts