Cours de Genomique (18H dont 4H TD)

 

Daniel Gautheret, Denis Thieffry

 

1

Intro

·        Les projets génome

·        Stratégies de séquencage

·        EST, SAGE

·        Taille des génomes

2

Structure des gènes et annotation

·        Structure des gènes eucaryotes et procaryotes

·        Proportion des différents types de séquences (codant, non-c., intron, exon, répété, intergénique,..)

·        Systèmes d’annotation

·        Catalogues de gènes

3

Analyse des génomes

·        Usage des codons et biais de composition

·        Comparaisons inter-génomes

·        SNP

·        Classes fonctionnelles de gènes

4

Bases de données de séquence

·        Les standards (séquence et information fonctionnelle)

·        BD de Séquence (Genbank, EMBL, Swissprot)

·        BD Génomes complets

·        Autres banques de séquences

TD

·        Moteurs de recherche (NCBI, Entrez, SRS)

5

Bases de donnees fonctionnelles

·        Les standards de BD fonctionnelles

·        Organisation, intégration

TD

·        BD de métabolisme (KEGG, EcoCyc, Brenda)

6

Techniques de Génomique fonctionnelle

·        Puces à ADN (expression, polymorphisme, stabilité/épissage ARNm)

·        BD transcriptome

 

7

Etude des Interactions entre macromolécules

·        ChIP-Chip

·        Puces protéiques

·        Cribles simple/double/triple hybride

TD

·        BD de génomique fonctionnelle (transcriptome, Swiss-2D, Flybase, regulondb, SGBD, MIPS, etc.)