Matrices PAM ou matrices de Dayoff
6 premières lignes et colonnes:
|
C |
S |
T |
P |
A |
G |
| C |
11.5 |
|
|
|
|
|
| S |
0.1 |
2.2 |
|
|
|
|
| T |
-0.5 |
1.5 |
2.5 |
|
|
|
| P |
-3.1 |
0.4 |
0.1 |
7.6 |
|
|
| A |
0.5 |
1.1 |
0.6 |
0.3 |
2.4 |
|
| G |
-2.0 |
0.4 |
-1.1 |
-1.6 |
0.5 |
1.6 |
- Proposé par Margaret Dayoff en 1978.
- Chaque case représente la probabilité de
voir ces deux résidus remplacés l'un par l'autre dans un alignement.
(matrice lod-score, de "log-odds" ou "log des chances").
- Un exemple de lod-score est:
S = log (Fij / (Fi x Fj))
Où Fij est la fréquence de remplacement du résidu i par j, et Fi et Fj sont
les fréquences respectives des résidus i et j.
- Dans cette matrice de similarité, plus la valeur est négative,
plus la probabilité est faible, plus le remplacement est rare.
- La table est valable pour une certaine distance évolutive.
- Maintenant, la distance est mesurée en PAM: nbre de mutations ponctuelles par 100 aa.
- 2 Séquences séparées par une unité PAM: 1 mutation par 100 aa.
- Les valeurs sont déterminées initialement pour des protéines séparées de 6 à 100 PAM,
puis extrapolées pour 150, 250 PAM, etc.
- Pour des protéines éloignées, on ne pourrait pas directement extrapoler à partir de
valeurs tirées par ex. de PAM 10, car la nature des mutations change avec
la distance évolutive. Le code génétique, par exemple, influence les mutations permises
sur une courte durée, mais pas sur une longue durée.