FONCTIONS PREDEFINIES

1. Système
   
   
   • Print
     print "bonjour\n";
     print "la frequence de $codon est $freq{$codon}\n";
     print "la frequence de", $codon, "est", $freq{$codon}*100, "\n";
     
     
   • exit
     
     if ($erreur) {exit;}
     
     
   • die
     
     if ($fruit eq 'orange') {die 'Je déteste les oranges !'}
     
     
   • system
     
     system "mkdir Courier";
     system "mkdir $x";
     $blastout = `blastall -p blastn -i $query -d $db`;
     
   
   
   
2. Mathématique
   
   $s = cos(0);
   $s = log(exp(1));
   $i = int(sqrt(8));
   $tirage_loto = int(rand(42)) + 1;
   $i = abs(-5.6)
   
   
   
   
3. Chaînes
   
   
   • concaténation
     

     $a="salut ";
     $b="les amis";
     $c=$a.$b;
     $c contient "salut les amis"
     
     

   • chop
     

     Enleve le dernier caractère de la chaine:
     $ch='cerises';
     chop ($ch);
     $ch contient "cerise"
     
     

   • chomp
     

     Idem mais enlève seulement les Retour charriots
     
     

   • length
     

     Renvoie la longueur de la chaine
     $l= length ('cerises');
     $l vaut 7
     
     

   • split('motif', ch)
     

     Sépare la chaîne 'ch' en plusieurs éléments, le séparateur étant 'motif'
     @t = split(';', 'Phillips; Merrick; Dougherty; Bott');
     @t est un tableau contenant ('Phillips, Merrick, Dougherty, Bott')
     
     

   • substr(ch, indicedébut, longueur)
     

     Retourne la chaîne de caractère contenue dans ch, à partir du caractère 'indicedébut' et sur une longueur 'longueur'.
     $ch=substr('RKAILVA', 0, 3)
     $ch=substr('AAATTTT', 4)
     
     

   • index(ch, recherche)
     

     Retourne la position de 'recherche' dans la chaîne 'ch'
     $i=index('GCATGTAGCTAGCTAG','ATG'); $i vaut 2.
     

   
   
   
4. Tableaux
   
   
   • join (ch, tableau)
     

     Regroupe tous les éléments d'un tableau dans une chaîne de caractères (en spécifiant le séparateur 'ch')
     print join(', ', @fruits)
     
     

   • pop (tableau)
     

     Retourne le dernier élément du tableau (et l'enlève)
     print pop(@fruits);
     
     

   • push (tableau, element)
     

     Ajoute un élément en fin de tableau (contraire de pop)
     push(@fruits, "pomme");
     
     

   • sort (tableau)
     

     Trie le tableau par ordre croissant
     @fruits = sort (@fruits);
     
     

   • reverse (tableau)
     

     Inverse le tableau (le dernier devient premier)
     @fruits = reverse (@fruits);
     

   
   
   
5. Les tableaux associatifs
   
   
   • keys ( tableau)
     

     Renvoie les clé du tableau
     foreach $c (keys %codon_usage) {
       print $c, " ";
     }
     
     
     

   • values ( tableau)
     

     Renvoie les valeurs du tableau
     foreach $v (values %codon_usage) {
       print $v, " ";
     }
     
     
     

   • each ( tableau)
     

     Renvoie les couples (clé,valeur) du tableau
     while (($cod,$val) = each (%codon_usage)) {
      print "codon $cod : nombre: $val\n";
     }
     
     
     

   • exists (element)
     

     Renvoie 1 ou 0 selon que l'élément a été défini ou non
     if (exists $codon_usage{"UAG"}) {
       print "probleme!\n";
     }