La comparaison de séquences
La comparaison de séquence est surtout utilisée pour (1) identifier les gènes et (2)
étudier leur fonction.
"Fonction" peut être entendu dans un sens général (ATPase,
RNA-Polymérase, etc.) ou dans un sens beaucoup plus précis, avec
identification des résidus essentiels, éléments structuraux, sites de
fixation aux ligands, site catalytiques, etc.
Qui a besoin de comparaison de séquence?
- Un laboratoire de génomique qui veut annoter un
chromosome/génome/contig nouvellement séquencé.
- Un laboratoire pharmaceutique qui s'interesse à un locus
impliqué dans une pathologie/susceptibilité particulière; ou ayant identifie un cDNA
surexprimé dans une condition/pathologie particuliere
- Un laboratoire qui etudie depuis 10 ans un gène particulier chez l'homme
et veut savoir si un organisme modèle contient un gene homologue.
- Un laboratoire specialiste d'une fonction proteique particuliere: quels sont les
residus essentiels susceptibles d'être soumis a mutagenese dirigee?