| Nom
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Type
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Organisme
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Description
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Nb. Enrgst.
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Refseq
| gene+mRNA+prot
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H, M, R
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Itération à partir de Blast seed mRNA/EST vs contigs de Genbank.
+Annotation manuelle: publications, UTR prolongées, etc.
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11 405(H) 5 749 (M)
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HGI (Human Gene Index)
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mRNA
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H, M, R, D, Arabid., Fugu, riz, etc.
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Genbank mRNA+EST contigués. Toutes les solutions alternatives sont conservées.
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388 000
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EGAD (expressed Gene anatomy database)
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mRNA
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H
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Ensemble non redondants de transcrits humains obtenus par extraction de Genbank,
d'après les annotations. Toutes les formes alternatives annotées sont créées.
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Ensembl
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gènes + transcrits
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H + eucaryotes?
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Genscan sur contig, puis Blast vs prot, mRNA, EST, PFAM
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35 500 genes, 44 860 transcrits
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Unigene
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clusters
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H, M, R, bovin, zebrafish, blé, riz, mais, orge
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Clustering itératif à partir de mRNA+CDS génomique+ESTs. Pas de contigage.
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89 371 clusters |