Les Index de gènes

Nom Type Organisme Description Nb. Enrgst.

Refseq

gene+mRNA+prot H, M, R Itération à partir de Blast seed mRNA/EST vs contigs de Genbank. +Annotation manuelle: publications, UTR prolongées, etc. 11 405(H) 5 749 (M)

HGI (Human Gene Index)

mRNA H, M, R, D, Arabid., Fugu, riz, etc. Genbank mRNA+EST contigués. Toutes les solutions alternatives sont conservées. 388 000

EGAD (expressed Gene anatomy database)

mRNA H Ensemble non redondants de transcrits humains obtenus par extraction de Genbank, d'après les annotations. Toutes les formes alternatives annotées sont créées.

Ensembl

gènes + transcrits H + eucaryotes? Genscan sur contig, puis Blast vs prot, mRNA, EST, PFAM 35 500 genes, 44 860 transcrits

Unigene

clusters H, M, R, bovin, zebrafish, blé, riz, mais, orge Clustering itératif à partir de mRNA+CDS génomique+ESTs. Pas de contigage. 89 371 clusters