Clustal

• Clustal (Des Higgins) est le programme d'alignement multiple le plus employé.
• Clustalw utilise les profils. Les séquences déjà alignées servent de profil pour diriger la suite de l'alignement.
• Pondération (Sequence Weighting). Lorsque l'alignement contient plusieurs séquences très proches, celles-ci vont prendre plus d'importance dans le profil qu'une séquence isolée éloignée de celles-ci. Pour éviter que de tels groupes de séquences proches biaisent l'alignement, l'importance de chaque séquence dans le profil est pondérée en fonction du nombre d'homologues proches, tels que déterminés par un arbre UPGMA.

Voir par exemple le serveur de l'IBCP

Résultats Clustal

Obtenu avec le serveur de l'IBCP: