Cartographie Physique

BUT: rendre disponible toute région voulue d'un génome sous forme d'un fragment d'ADN cloné.

1. Création d'une banque d'ADN du génome étudié
2. Identifier chaque clone
3. Ordonner/positionner clones sur le chromosome

Banques Génomiques

• Phages, Cosmides: inserts de 15-20kb: pour petits génomes
• YAC (Yeast Artificial Chromosome): inserts de 500kb-1Mb. Grands génomes.
• Une banque génomique humaine se présente sous la forme d'une collection de plusieurs centaine de microplaques à 96 puits, chacun contenant un clone.

Ordonnancement des clones

• Si l'on repère un marqueur de carte génétique dans un clone (par exemple par hybridation), ce clone se trouve directement positionné.
• On peut également utiliser le recouvrement entre clones pour les positionner les uns par rapport aux autres.
• On peut aussi utiliser les STS (Sequence Tagged Sites): des séquences quelconques uniques dans le génome. Le fait de retrouver le même STS dans 2 clones indique qu'ils se chevauchent.