Cartographie Génétique (Cartes de liaison)

La fréquence de crossing over entre 2 marqueurs indique la distance qui les sépare. Les marqueurs doivent être polymorphes pour être suivis.

Les marqueurs moléculaires (phénotype visible sur gel) ont fait nettement progresser cette technique.

RFLP (restriction fragment length polymorphism)

• Des fragments d'ADN génomiques qui, hybridés à un ADN génomique digéré par une enzyme de restriction, donnent des bandes de taille différente selon les individus.
• Les marqueurs sont assignés aux chromosomes par FISH (Fluorescent in situ hybridization). Résolution: sous-bande chromosomique (env. 10 Mb)

Microsatellites

• Des séquences répétées avec fort taux de polymorphisme: le nombre de répétitions varie fortement d'un individu à l'autre.
• Une PCR suffit pour identifier quel allèle est présent chez un individu: deux amorces autour du microsatellite, amplification puis résolution sur gel. On observe soit deux bandes pour les allèles maternel et paternel, soit une seule bande si même allèle.

STS (Sequence tagged Sites)

•    Séquence génomique unique de 200-500bp pouvant être amplifiée à partir d'amorces PCR connues.
  

Hybrides d'irradiation

• On recherche ensuite ce que deviennent des marqueurs: retrouver 2 marqueurs dans le même hybride indique leur proximité. Par exemple, utilisation des marqueurs STS: le marqueur STS s1 est retrouvé dans les hybrides hi,hj,hk, le marqueur s2 est retrouvé dans les hybrides hl, hm, etc. De ces données, on déduit une proximité ou non des marqueurs s1 et s2. 
  
• Résolution: 1-2Mb
  

Carte généthon de 1996

• 5264 microsatellites, résolution 1,6 cM (~3 Mb)