Les risques d'erreur dans la construction d'arbres sont multiple. Les distances sont évaluées sur un ensemble de sites (chaque position de l'alignement), mais ces sites peuvent se comporter différemment, avoir des origines différentes etc. Par conséquent, la matrice de distance comprend souvent des incohérences ou des situations mal résolues. Comment détecter ce genre de proiblème dans l'arbre produit?
Le bootstrap consiste à créer un pseudo-alignement en tirant au hasard un certain nombre de sites, puis à recalculer l'arbre. On réalise ainsi un grand nombre d'abres (p. ex. 100) et on mémorise tous les arbres obtenus. Pour chaque branche de l'arbre initial, on note combien de fois cette branche est observée dans les arbres du bootstrap. Plus le nombre est élevé, plus cette branche est fiable.