Interprétation des sorties de Blast

• Plusieurs "HSP" (sortes de zones de similarité reconnues par Blast) sont possibles pour chaque séquence. Pour chaque HSP, le sens du match est indique.
• Query: la séquence envoyée par l'utilisateur
• Subject: la séquence trouvée par Blast.
• Score. Somme des valeurs données par la matrice de substitution, moins pénalité de gap. Bit score: changement d'échelle.
• E value. Nombre d'alignements attendus par hasard ayant un score supérieur au score obtenu. Le calcul de E est un sérieux problème mathématique. Les valeurs obtenues en assumant une distribution normale des scores surestiment énormément la significativé. Karlin a démontré que les scores suivaient plut�ôt une distribution de valeurs extrêmes, caractérisée par une diminution exponentielle en X plutôt qu'en X²
• Statistiquement, les valeurs de E inferieures a 10^-2 sont dignes d'intérêt. En pratique, l'intérêt biologique est toujours à vérifier.