Blast

• Blast (Samuel Karlin et Stephen Altschul) est le programme d'alignement local le plus utilisé.
• Les deux points forts de Blast sont la vitesse et l'évaluation rigoureuse de la valeur statistique des alignements. Voir les statistiques de Blast
• Blast est capable d'insérer des gaps dans les alignements depuis la version 2.

Visiter Le serveur Blast du NCBI:

• Programs: blastn: AN contre AN blastp: Prot contre Prot blastx: AN 6 cadres contre prot tblastn: Prot contre AN 6 cadres tblastx: AN 6 cadres contre AN 6 cadres
• Database: nr (non redondant) est automatiquement selectionné en version "proteines" ou "acides nucleiques" selon qu'on utilise blastp ou blastn. nr proteine= Traduction de tous les CDS de GenBank+PDB+SwissProt+PIR+PRF-redondances.
• Expect: nombre d'occurences attendues par hasard dans cette banque.
• Score: dépendant de la matrice de substitution employée. Pour ADN/ARN: score = 2 par position identique.
• Filter: filtrage des régions de basse complexité. (remplacées par des X dans la sortie.)