Autres banques de séquence

Banques protéiques

• Swissprot. La mieux annotée des banques protéiques. Release 39 (2001): 101247 entrées, 37 135 523 aa. Attention: toutes les protéines connues n'y sont pas! Visiter le serveur
• PIR (Protein Identification Resource), EMBL.
• NR Protéique (Non-redundent): Banque protéique du NCBI = Traduction de tous les CDS de GenBank + PDB + SwissProt + PIR + PRF - redondances.

Banques nucléotidiques

• NR nucléique (Non-redundant). Banque combinée: Genbank+refseq+pdb (20x10e9 nt / oct. 2002)
• gbEST / dbEST: Inclus dans Genbank
• Unigene: banque d'ESTs classifiés ("clusterisés"). Dans chaque cluster Unigene sont regroupés des EST ayant une similarité de séquence significative. On peut donc trouver des transcripts différents et des artefacts (chimères, etc.). Unigene ne propose pas de mRNA reconstruits (contigs) à partir des séquences d'un cluster.
• TIGR Human Gene Index (HGI). Ici encore on a clusterisé les EST, mais HGI est une banque de "contigs", c.a.d. de séquences de mRNA reconstruites à partir des EST d'un même cluster. Les clusters étant souvent hétérogènes, ils produisent souvent plusieurs contigs. Ces contigs doivent théoriquement correspondre à des mRNA alternatifs.
• Banques de gènes (cf page "index de gènes")
• Banques spécialisées Certaines collections de séquences, bien que généralement présentes dans Genbank, sont beaucoup plus utiles lorsqu'elles sont rassemblées dans des banques spécialisées:
  • Récepteurs des lymphocytes T (réarrangements de l'ADN)
  • Génomes HIV, collections de séquences ENV obtenue chez le même individu, etc.