On doit ensuite assembler les clones pour reconstituer le chromosome.
Ceci commence par un assignement des clones au bon chromosome, à l'aide des cartes physiques, STS etc. (présence de marqueurs dans le clone et dans le chromosome).
Puis on recherche des recouvrements dans les séquences des clones. Le recouvrement peut comprendre plusieurs séquences initiales avec gaps, donc pas forcément facile (voir figure ci-dessous).
L'assemblage final est appelé un "squelette de contigs" (contig scaffold).
Etapes de l'assemblage. Les brins Ax et Bx correspondent à des séquences
initiales provenant de 2 clones différents.
Résumé des étapes shotgun+assemblage pour le génome humain.
Toutes figures issues de l'article de Nature sur le Génome Humain .