Paralogie et orthologie vues par les arbres

Admettons le schéma évolutif suivant:

Etant donné que la duplication (ayant produit les paralogues) a eu lieu AVANT la spéciation (ayant produit les orthologues), les orthologues devraient être plus proches entre eux que les paralogues. L'arbre devrait donc ressembler à :

Mais certains mécanismes d'évolution interfèrent avec ce schéma idéal:

• Conversion: une partie d'un gène est recopiée dans l'autre copie de ce gène (advient lorsque les 2 copies sont physiquement proches). Ce mécanisme maintient une forte ressemblance entre les différentes copies d'un gène.
• Transfert horizontal: par endosymbiontes, etc. Fitsch a aussi introduit "xénologue" pour évoquer ce cas.

On peut également avoir une organisation multidomaine qui provoque des erreurs sur les distances quand celles-ci sont calculées sur le gène entier.