Comment réaliser in silico l'analyse fonctionnelle détaillée d'une protéine?

Déterminer avec fiabilité la fonction d'une protéine d'après sa séquence demande l'application d'un protocole bien précis. On peut lire à ce sujet le papier de Bork et Koonin (Nature genetics, 1998, 18, 313). Les principaux points sont les suivants:

1. Eléments structuraux

L'identification des éléments suivants permet de s'assurer que les recherches d'homologies se déroulent sans artefact.

• Régions de basse complexité (pour masquage)
• Régions transmembranaires
• Répétitions internes (ex: D1-D2-D1)

2. Homologies

C'est par homologie que l'on identifie le plus souvent les domaines/motifs fonctionnels de la protéine...

• Identification de domaines connus (Prosite-Prodom)
• Recherches itératives pour l'extension des homologies
  • Manuellement ou avec PSI Blast
  • PAM250 au lieu de BLOSUM62
• Si protéine modulaire: masquer les domaines identifiés et lancer la recherche sur la partie restante.
• Précautions essentielles: ne pas considérer que les meilleurs scores Blast, ne pas croire systématiquement les annotations, Tenir compte du contexte (par ex: pas de séquence signal dans un doigt de zinc)

3. Synthèse

• Alignement multiple pour visualisation finale des domaines conservés/absents.
• Vérifier la présence de paralogues (par ex: substrats différents). La meilleure approche est de réaliser l'arbre phylogénétique.