TP Bioinformatique ESIL 2ème Année

Analyse Fonctionnelle d'une famille de protéines

Durée: 4 x 3H
V.2004.2  D. Gautheret

Objectifs

Réaliser l'analyse fonctionnelle détaillée d'une famille de protéines, exclusivement à l'aide d'outils Internet.

A la fin de ce travail, vous devez avoir

Le protocole implémenté s'approche de celui recommandé par Bork et Koonin (Nature genetics, 1998, 18, 313), bien que la fonction de la protéine étudiée soit en fait déjà connue. Les resultats seront inclus dans un rapport synthétique.

Vous devez trouver les sites web vous-même en vous aidant des pointeurs donnés en cours ou des moteurs génériques (google, etc.)

Protéines Proposées. Elles présentent l'intérêt de contenir plusieurs domaines (parfois réutilisés dans d'autres protéines), d'avoir un homologue de structure 3D connue, et d'avoir plusieurs paralogues.

2004: polyadenylate-binding protein 2 de Arabidosis thaliana


Conseils Généraux:


a) Récupération de la séquence

b) Eléments structuraux

Le but est ici de repérer toutes les régions susceptibles d'interférer avec les véritables homologies.

c) Identification de domaines/motifs connus.

Première approche pour l'identification des domaines et/ou motifs fonctionnels de la protéine: la recherche dans les banques de motifs et de domaines.

d) Recherche de similitude

e) Alignement multiple

f) Validation 3D

g) Rapport